Sông Hoàng Long là một phụ lưu của sông Đáy, nhập vào sông Đáy tại ngã ba Gián Khẩu. Dòng chảy sông Hoàng Long được tạo thành bởi hợp lưu của hai nhánh chính là sông Lạng và sông Bôi tại Kênh Gà, xã Gia Thịnh. Trên đường đi sông Hoàng Long còn nhận thêm nước từ hệ thống sông Rịa - sông Chim đổ vào tại đập tràn Lạc Khoái. Ngoài ra còn có các nhánh sông Chanh, sông Sào Khê, sông Lựng, sông Đào tùy theo mùa mà đổ nước vào sông Hoàng Long hoặc rút nước về hệ thống sông Vạc. Đến địa phận xã Gia Trung, sông Hoàng Long tách thành hai nhánh tả Hoàng Long và hữu Hoàng Long dài chừng 4 km ôm bọc lấy xã này (với dòng chính bên nhánh hữu) rồi lại nhập lại thành một.

Sông Hoàng Long chảy qua địa phận các huyện Nho Quan, Gia Viễn, Hoa Lư đều thuộc tỉnh Ninh Bình. Đoạn từ chỗ sông Bôi và sông Lạng hợp lưu tới chỗ sông Hoàng Long hợp lưu vào sông Đáy dài khoảng 25 km, chỗ rộng nhất 300 m. Trên sông Hoàng Long có tổng số 12 bến đò. Từ sông Hoàng Long có thể theo các nhánh dẫn vào các điểm du lịch như suối nước nóng Kênh Gà, động Vân Trình, Cố đô Hoa Lư, hang động Tràng An, chùa Bái Đính, hồ Yên Quang, hồ Đập Trời, hồ Thường Sung, hồ Đồng Chương.

Theo một số cách gọi, các đoạn hạ lưu của sông Bôi và sông Lạng vẫn thường được gọi là sông Hoàng Long, cụ thể như sau:

• Sông Lạng đoạn từ cầu Nho Quan đến Kênh Gà được gọi theo Quyết định số: 68/2005/QĐ - BGTVT ngày 09 tháng 12 năm 2005 của Bộ trưởng Bộ GTVT về Danh sách các tuyến đường sông quốc gia
• Sông Lạng đoạn từ động Vân Trình đến Kênh Gà theo Bản đồ trên trang Chính phủ Việt Nam
• Sông Bôi đoạn từ cầu Đế đến Kênh Gà
• Sông Bôi thực chất là phần thượng nguồn của sông Hoàng Long với diện tích toàn lưu vực là 1.550km2.[1]

Nhìn chung, mạng lưới sông chính ở lưu vực sông Hoàng Long có dạng hình giẻ quạt nên khi có lũ thì nước ở các sông suối cùng đồng thời tập trung về vùng đồng bằng. Sông Hoàng Long chảy qua vùng đất thấp, điều kiện địa hình khu vực thuận lợi cho các tình thế gây mưa nên thường hay gây ra lũ lụt. Năm 1960, hệ thống đê sông Hoàng Long được xây dựng nhằm ngăn lũ vào thành phố Ninh Bình. Đồng thời, nhà nước Việt Nam đã quy định hai huyện Nho Quan và Gia Viễn là vùng chậm lũ và phân lũ của sông Hoàng Long để giữ cho đê khỏi bị vỡ. Từ đó cho đến năm 2007, đã có 17 lần xả lũ sông Hoàng Long vào hai huyện trên, gây cho nhân dân trong vùng nhiều thiệt hại[2].